PCR技術專題：分子標記——AFLP原理和操作步驟
更新時間：2013-11-20 瀏覽次數(shù)：1288
一、原理
AFLP也是通過限制性內(nèi)切酶片段的不同長度檢測DNA多態(tài)性的一種DNA分子標記技術。但AFLP是通過PCR反應先把酶切片段擴增，然后把擴增的酶切片段在高分辨率的順序分析膠上進行電泳，多態(tài)性即以擴增片段的長度不同被檢測出來。實驗中酶切片段首先與含有與其共同粘末端的人工接頭連接，連接后的粘末端順序和接頭順序就作為以后PCR反應的引物結合位點。實驗中，根據(jù)需要通過選擇在末端上分別填加了1～3個選擇性核苷的不同引物，可以達到選擇性擴增的目的。這些選擇性核苷酸使得引物能選擇性地識別具有特異配對順序的內(nèi)切酶片段，進行結合，導致特異性擴增。
二、實驗試劑
Taq酶、EcoRI/ MseIEcoRI/MseI接頭、E+A引物M+C引物、T4DNALigaseE和M引物、瓊脂、過硫酸胺、丙烯酰胺、尿素、硝酸銀、甲酰胺、 dNTPs、 二甲苯青、冰醋酸、玻璃硅烷、50bpMark
三、操作步驟
（一） 基因組DNA提取和純化
A 、參考實驗一的大量提取DNA實驗方法，
B、DNA的純化：用0.8%瓊脂糖凝膠（含EB0.5μg/ml）電泳檢測片段大小，取出其中的1/3已提取的基因組DNA進行純化，首先用TE緩沖液補滿至總體積50ul，再等體積苯酚/氯仿/異戊醇（25：24：1）、氯仿/異戊醇（24∶1）各抽提一次，離心吸上清液于Eppendorf管中，加入1/10體積的NaAC和二倍體積預冷的無水乙醇，－20℃放置2h以上，10000g離心10min，用70%的乙醇漂洗DNA沉淀2次 ，風干后溶于30μlTE緩沖液中，UV-2401PC（島津）紫外分光光度計檢測A260、A280值并定量，再用0.8%瓊脂糖凝膠（含EB0.5μg/ml）電泳檢測片段大小。
注：0.1-0.2g組織可用100ul溶液E溶，0.5g組織，溶液E可增加至300ul，此時DNA濃度大約為100ng/ul。
（二）限制性酶切及連接
在0.2ml離心管中加入：模板量約為250ng，2.5μl 10×酶切緩沖液， 2.5μl 10×T4DNA連接酶切緩沖液，5U EcoRⅠ，5U MseⅠ，2U T4連接酶，50pmol MseⅠ接頭（序列見表2），雙蒸水補至25μl。用PE公司PCR擴增儀設定37℃反應后，于65℃20min滅酶活，－20℃保存，作為預擴增模板。
（三）預擴增
取3μl酶切連接產(chǎn)物，加入75ng E+A，75ng M+C引物，15mmol/L Mg2+，25mmol/L dNTPs，1UTag酶，3μl 10×PCR緩沖液，加雙蒸水補至30μl。反應參數(shù)為：94℃90s；94℃30s，56℃1min，72℃1min，30循環(huán)；72℃10min（PE公司PCR儀）。反應結束后，用0.8%瓊脂糖凝膠（含EB0。5μg/ml）電泳檢測擴增產(chǎn)物（見圖①），取3μl產(chǎn)物釋稀50倍，用作選擇性擴增模板。
（四）選擇性PCR擴增
取釋稀后的產(chǎn)物3μl，加入EcoRⅠ選擇性引物、MseⅠ選擇性引物各75ng，15mmol/L Mg2+，25mmol/LdNTPs，1UTag酶，3μl10×PCR緩沖液，加雙蒸水補至30μl。反應參數(shù)為：94℃90s；94℃30s，65℃1min，72℃1min，13循環(huán)（每循環(huán)降0。7℃）；94℃30s， 56℃1min，72℃1min，25循環(huán)；72℃5min（PE公司PCR儀），先用0.8%瓊脂糖凝膠（含EB0.5μg/ml）電泳檢測先擇性擴增產(chǎn)物。
（五）凝膠電泳
擴增產(chǎn)物用6%變性聚丙烯酰胺膠（厚度0.5mm）和1×TBE電泳緩沖液電泳分離（BIO-RAD公司測序電泳儀）。拔出梳子，140W恒功率預電泳30分鐘，溫度達到47～49℃。務必使每個孔清洗出尿素。選擇性擴增產(chǎn)物中加入等體積上樣緩沖液（98%甲酰胺，10mmol/LEDTA，0.25%二甲苯青，0.25%溴酚藍）94℃變性5min（PE公司PCR儀），結束后迅速置于冰上直到點樣。每個泳道加樣8μl。一開始用100W恒功率電泳約2分鐘，使樣品迅速集中到孔底部，再調(diào)到60W恒功率電泳，溫度保持在43℃左右，至二甲苯青FF至玻璃板2/3處，結束電泳。
（六）銀染
固定液：取100ml冰醋酸到900ml去離子水或雙蒸水中。染色液：1g AgNO3 ，1.5ml 37%甲醛，加去離子水至1L。顯色液：30g Na2CO3，1.5ml 37% 甲醛，2mg硫代硫酸鈉，加去離子水至1L。
① 電泳完畢后，將粘有凝膠的玻璃板置入用于銀染的塑料盤中。
② 固定：加入固定液，在搖床上輕微震蕩30min。固定結束后，固定液保留。
③ 加入去離子水漂洗3次，每次2min。
④ 染色：將凝膠放入染色盤中，倒入染色液（4℃），在搖床上輕微震蕩30min。用去離子水漂洗凝膠10秒鐘后，置入顯色盤中。
⑤ 顯色：加入顯色液（4℃），在搖床上輕微震蕩直至條帶數(shù)不再增加為止。
⑥ 終止：加入b步驟用后的固定液，來回漂幾分鐘。達到效果后，用蒸餾水漂洗幾分鐘。
⑦ 去除凝膠和玻璃板上的水珠后，放在白光燈箱上用Nikon數(shù)碼相機拍照。
（七）數(shù)據(jù)分析
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